Eduardo Souto de Moura se narodil 25. července 1952 v Portu. Studoval architekturu na Akademii výtvarných umění v Portu. V letech 1974–1979 pracoval v kanceláři Álvaro Sizy. Působil jako učitel na své alma mater, později získal profesuru a vyučoval na fakultě architektury univerzity v Portu. Externě působil také na fakultách architektury v Ženevě, Paříži, Harvardu, Dublinu, Curychu a Lausanne. V současnosti pracuje ve své vlastní architektonické kanceláři založené již v roce 1980. Občas spolupracuje se svým učitelem Álvarem Sizou. Spolu s ním patří mezi nejvýznamnější architekty v dnešním Portugalsku.